Jusqu’au début du XIXe siècle, des barques à fond plat appelées « Gabarres » sillonnaient la Touques, transportant des matériaux, du sable, du bois et … du cidre ! Elles étaient tirées par des hommes et des chevaux qui suivaient un chemin de halage, établi sur la rive droite de la rivière.
À la fin du XVe siècle, les quais de Pont-l’Évêque étaient très animés. La pierre de Caen nécessaire à la reconstruction de l’église Saint-Michel arrivait par bateau à Roncheville (Commune rattachée à Saint-Martin-aux-Chartrains), puis gagnaient Pont-l’Évêque par des Gabarres. À cette époque la Touques était navigable par bateau, de la mer jusqu’à Roncheville à marée haute, et en Gabarre de Roncheville à Pont-l’Évêque. La navigation s’étendait jusqu’au Breuil-en-Auge et Pierrefitte. Les quais de Pont-l’Évêque étaient situés sur les deux rives de la Touques, en aval du Pont des Chaines et sur la rive gauche de la Calonne (ou rivière de Saint-Melaine).
À leur confluent, se situait le quai Lormer. À cette époque, le faubourg Nival qui longeait la Calonne était la rue la plus passagère et commerciale de la ville, avec en particulier ses sept tanneries. Elle fut plus tard doublée par l’ouverture de la rue neuve (actuelle rue Hamelin), et par la rue Launay.
De tout temps, cette activité fluviale fut difficile, d’une part à cause des méandres de la Touques, mais aussi et surtout en raison du Pont des Chaines qui faisait obstacle à la navigation.
Se présentant à l’origine comme un pont à deux piles avec arcades de différentes dimensions, son remplacement par un tablier en bois interdisait rapidement le passage des gabarres de plus de 10 à 12 tonneaux. C’est en 1806 que le Maître-gabarier de Roncheville obtient un avis favorable pour la reconstruction (à ses frais) d’une arcade classique permettant la navigation des gabarres de 26 à 28 tonneaux.
Lors de la création de la Route Royale d’Alençon à Honfleur, juste avant la Révolution, la voie fluviale fut abandonnée au profit de la voie terrestre.
Après 1848, la navigation cessa pratiquement lors de la suppression du pont-levis de Touques. Si la rivière restait navigable en théorie jusqu’au Breuil -en-Auge, les pêcheurs seuls l’utilisaient, bénéficiant de la libre circulation le long de ses rives. Depuis 1926 la Touques a cessé d’être navigable, mais est restée dans le domaine public.